İddialara göre, Güneydoğubirlik’te çalışanların sayısının azaltılması için başlatılan operasyon kapsamında yöneticilerin yakını olmayan ve kurumda 2-10 yıldan beri çalışan 29 personelin işine 4 Kasım 2002’de son verildi. Ancak, halen atıl durumda ve hiçbir üretimi olmayan üzüm suyu tesislerinde boş oturup maaş alanların işine son verilmedi. İşten atılan işçilerden bazıları Birliğin yönetim kurulu üyelerini hissi davranmakla suçladı. İki yıl önce göreve gelen genel müdür ve yönetim kurulu üyelerinin yakınları Birliğe alındı. Satış mağazalarında TASKO’ya ait sirkelerin üzerine Günedoğubirlik etiketi yapıştırılarak satışa sunulduğu kaydedildi.
Antepfıstığı alımı sırasında kurumun milyarlarca lira zarara uğratıldığı iddia edilirken, Araban’da bir ton 154 kilo, Nizip’te 16 ton Antepfıstığı depolarına eksik teslim edildi. Genel müdür, yönetim ve denetim kurulu üyeleri daha önce her oturum için 40 milyon alırken, oturum ücretinin 280 milyona çıkardığı, böylece ayda en az 4 kez yapılan oturumlardan dolayı yaklaşık 1 milyar 120 milyon sağlandığı açıklandı. Yine bu yıl içerisinde İzmir’de düzenlenen Fuar’a katılmak amacıyla 100 kilo Antepfıstığı götürüldüğü, ancak akıbetinin belirsiz olduğu iddia edildi. Hazineye 7 trilyon civarında borcu bulunan kurumun yönetim kurulu üyelerinin oturum için bu kadar yüksek miktarda para aldığı ve kurumu arpalık gibi kullandığı ifade edildi.
3 Kasım seçiminde MHP’de milletvekili aday adayı olan Güneydoğu Birlik Genel Müdürü Vakkas Korkmaz’ın seçim çalışmasında kurumun resmi aracını kullanarak masrafı da kuruma ödettirdiği gelen iddialar arasında. Birliğin aile şirketi gibi idare edildiği, muhasebe kayıtlarının incelenmesi durumunda çok sayıda yolsuzluğun ortaya çıkacağı görüşü ileri sürüldü.